version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G59350.3

Summary of Gene (AT3G59350.3)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G59350  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G59350.3  
Description serine/threonine protein kinase, putative; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein tyrosine kinase activity, protein kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Serine/threonine protein kinase (InterPro:IPR002290), Tyrosine protein kinase, active site (InterPro:IPR008266), Tyrosine protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine/threonine protein kinase, putative (TAIR:AT2G43230.1); Has 79023 Blast hits to 78149 proteins in 3035 species: Archae - 48; Bacteria - 7473; Metazoa - 34844; Fungi - 5822; Plants - 17686; Viruses - 277; Other Eukaryotes - 12873 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21931280-21932479)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G59350.3                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT3G59340.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G59350.3

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+21932811-119

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+21932526-404
TSS cloneTclone+21932527-403
TSS cloneAclone+21932534-396
TSS cloneCclone+21932611-319
TSS cloneTclone+21932685-245
TSS cloneAclone+21932712-218
TSS cloneTclone+21932713-217
TSS cloneGclone+21932821-109
TSS cloneCclone+21932863-67
TSS cloneGclone+21932870-60

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-21931550AT3G59340.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-21931570AT3G59340.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGTCACGTGTTTCCACGT-2193162121931638AT3G59340.1
 AtREG606TGTCACGT          ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG583 GTCACGTG          PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG628  TCACGTGT        DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG590   CACGTGTT       ABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG627          TTCCACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGTATAGGCCCATAA-2193170221931714AT3G59340.1
 AtREG487TATAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362 ATAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364    GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394     GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAGCCCAATAAAGCC-2193172721931741AT3G59340.1
 AtREG533GAGCCCAA        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402 AGCCCAAT       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355  GCCCAATA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417   CCCAATAA     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG601       ATAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGCTTTTA-2193175321931760AT3G59340.1
 AtREG549GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.