PlantPromoterDB promoter information of AT3G60900

Summary of Gene (AT3G60900)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G60900 TAIR NCBI
Gene model	AT3G60900
Description	FLA10; LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FLA8 (FASCICLIN-LIKE ARABINOGALACTAN PROTEIN 8) (TAIR:AT2G45470.1); Has 12081 Blast hits to 6122 proteins in 671 species: Archae - 102; Bacteria - 3569; Metazoa - 1134; Fungi - 757; Plants - 1832; Viruses - 697; Other Eukaryotes - 3990 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 22501841-22500642)

`Genome position from initiation codon` `AT3G60900.1 TSS from cDNA TSS information AT3G60900 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G60910.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G60900

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 22500883 -42

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	22500883	-42

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 22500882 -41

TSS clone C clone - 22500876 -35

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	22500882	-41
TSS clone	`C`	clone	-	22500876	-35

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCTTCTCC - 22500870 22500882 -29 -41

Y Patch CTCTCTTT - 22500892 22500899 -51 -58

Y Patch CCTCTTCTTCTTCTT - 22500913 22500927 -72 -86

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCTTCTCC`	-	22500870	22500882	-29	-41
Y Patch	`CTCTCTTT`	-	22500892	22500899	-51	-58
Y Patch	`CCTCTTCTTCTTCTT`	-	22500913	22500927	-72	-86
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CACGTGTT - 22500978 22500985 -137 -144

AtREG590 CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG GGCTTTTT - 22501001 22501008 -160 -167

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAAGCCCAC - 22501026 22501035 -185 -194

AtREG559 CAAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518   AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CGGTTCGGTTCGGTT - 22501072 22501086 -231 -245

AtREG456 CGGTTCGGTTCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 GGTTCGGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556   GTTCGGTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575     TCGGTTCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CACGTGTT`		-	22500978	22500985	-137	-144
	AtREG590	`CACGTGTT`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
REG	`GGCTTTTT`		-	22501001	22501008	-160	-167
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAAGCCCAC`		-	22501026	22501035	-185	-194
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CGGTTCGGTTCGGTT`		-	22501072	22501086	-231	-245
	AtREG456	`CGGTTCGGTTCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG556	`GTTCGGTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`TCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 22501698 AT3G60910.1

TSS clone peak G clone + 22501712 AT3G60910.1

TSS clone A clone + 22501721 AT3G60910.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	22501698	AT3G60910.1
TSS clone peak	`G`	clone	+	22501712	AT3G60910.1
TSS clone	`A`	clone	+	22501721	AT3G60910.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None