PlantPromoterDB promoter information of AT3G61060

Summary of Gene (AT3G61060)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G61060 TAIR NCBI
Gene model	AT3G61060
Description	Arabidopsis thaliana phloem protein 2-A13 (AtPP2-A13); FUNCTIONS IN: carbohydrate binding; INVOLVED IN: response to wounding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AtPP2-A12 (Phloem protein 2-A12); carbohydrate binding (TAIR:AT1G12710.1); Has 238 Blast hits to 236 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 238; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 22602166-22603365)

`Genome position from initiation codon` `AT3G61060.1 AT3G61060.2 TSS from cDNA TSS information AT3G61060 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G61060

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 26 + 22603016 -150

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	26	+	22603016	-150

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 22602952 -214

TSS clone T clone + 22603013 -153

TSS clone T clone + 22603015 -151

TSS clone G clone + 22603016 -150

TSS clone T clone + 22603017 -149

TSS clone T clone + 22603019 -147

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	22602952	-214
TSS clone	`T`	clone	+	22603013	-153
TSS clone	`T`	clone	+	22603015	-151
TSS clone	`G`	clone	+	22603016	-150
TSS clone	`T`	clone	+	22603017	-149
TSS clone	`T`	clone	+	22603019	-147

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTCTATATATAAAG + 22602976 22602990 -190 -176

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTCTATATATAAAG`	+	22602976	22602990	-190	-176
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACACGTGTA + 22602740 22602749 -426 -417

AtREG590 AACACGTG   ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG453   CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

REG ATTAGGCC + 22602775 22602782 -391 -384

AtREG506 ATTAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCCGACCCGACCCGA + 22602820 22602836 -346 -330

AtREG580 AACCCGAC          PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405 ACCCGACCCGACC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442   CCCGACCCGACCC   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375    CCGACCCGACCCG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383     CGACCCGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390      GACCCGAC     PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

REG ATAAACCGGAC + 22602842 22602852 -324 -314

AtREG598 ATAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573    AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGGTTAAA + 22602963 22602970 -203 -196

AtREG645 CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACACGTGTA`		+	22602740	22602749	-426	-417
	AtREG590	`AACACGTG`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG453	`CACGTGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
REG	`ATTAGGCC`		+	22602775	22602782	-391	-384
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCCGACCCGACCCGA`		+	22602820	22602836	-346	-330
	AtREG580	`AACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`ATAAACCGGAC`		+	22602842	22602852	-324	-314
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CGGTTAAA`		+	22602963	22602970	-203	-196
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None