PlantPromoterDB promoter information of AT3G61300.1

Summary of Gene (AT3G61300.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G61300 TAIR NCBI
Gene model	AT3G61300.1
Description	C2 domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: tryptophan biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium/lipid-binding region, CaLB (InterPro:IPR008973), Phosphoribosyltransferase C-terminal, plant (InterPro:IPR013583), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C2 domain-containing protein (TAIR:AT4G11610.1); Has 4843 Blast hits to 3631 proteins in 212 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3192; Fungi - 336; Plants - 918; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 389 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 22692362-22693561)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G61300.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G61310.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G61300.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 22687611 -51

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	22687611	-51

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 22687508 -154

TSS clone G clone + 22687570 -92

TSS clone T clone + 22687571 -91

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	22687508	-154
TSS clone	`G`	clone	+	22687570	-92
TSS clone	`T`	clone	+	22687571	-91

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAAGCCC + 22687372 22687379 -290 -283

AtREG462 ATAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAGCGCGT + 22687488 22687495 -174 -167

AtREG492 AAGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAAGCCC`		+	22687372	22687379	-290	-283
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAGCGCGT`		+	22687488	22687495	-174	-167
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 22692866 AT3G61310.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	22692866	AT3G61310.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None