version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G61430.1

Summary of Gene (AT3G61430.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G61430  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G61430.1  
Description a member of the plasma membrane intrinsic protein subfamily PIP1. localizes to the plasma membrane and exhibits water transport activity in Xenopus oocyte. expressed ubiquitously and protein level decreases slightly during leaf development.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 22744557-22745756)

Genome position     
from initiation codon
AT3G61470.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G61430.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence










 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G61430.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA589+22733590-67

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+22733548-109
TSS cloneAclone+22733585-72
TSS cloneCclone+22733589-68
TSS cloneAclone+22733590-67
TSS cloneCclone+22733591-66
TSS cloneCclone+22733593-64

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxACTATATAAT+2273355522733564-102-93
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGGTTAAA+2273340122733408-256-249
 AtREG645CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakT170+22745718AT3G61470.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+22745653AT3G61470.1
TSS cloneTclone+22745657AT3G61470.1
TSS cloneTclone+22745659AT3G61470.1
TSS cloneCclone+22745668AT3G61470.1
TSS cloneAclone+22745669AT3G61470.1
TSS cloneCclone+22745688AT3G61470.1
TSS cloneTclone+22745689AT3G61470.1
TSS cloneTclone+22745692AT3G61470.1
TSS cloneTclone+22745695AT3G61470.1
TSS cloneAclone+22745696AT3G61470.1
TSS cloneAclone+22745697AT3G61470.1
TSS cloneCclone+22745700AT3G61470.1
TSS cloneCclone+22745702AT3G61470.1
TSS cloneTclone+22745705AT3G61470.1
TSS cloneTclone+22745727AT3G61470.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTTCTTCT+2274568422745695AT3G61470.1
Y PatchCTTCTTCT+2274575522745762AT3G61470.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAAAGCCCAAAA+2274541922745431AT3G61470.1
 AtREG589AAAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469    AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529     GCCCAAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATATGGGCTTTG+2274543422745445AT3G61470.1
 AtREG432ATATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG477 TATGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG559    GGGCTTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATAAGCCCA+2274545522745463AT3G61470.1
 AtREG462ATAAGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTGCCACGTG+2274555922745568AT3G61470.1
 AtREG452TTGCCACG   PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG367  GCCACGTGABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.