PlantPromoterDB promoter information of AT3G62360.1

Summary of Gene (AT3G62360.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G62360 TAIR NCBI
Gene model	AT3G62360.1
Description	carbohydrate binding; FUNCTIONS IN: carbohydrate binding; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, plasma membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carbohydrate-binding-like fold (InterPro:IPR013784), Collagen-binding surface protein Cna-like, B region (InterPro:IPR008454); Has 234 Blast hits to 193 proteins in 70 species: Archae - 4; Bacteria - 76; Metazoa - 122; Fungi - 0; Plants - 13; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 23081455-23080256)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G62360.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G62370.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G62360.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 23080560 -105

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	23080560	-105

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGTGGGCTTTATAAAGCCCATTAAGCCCTA - 23080615 23080645 -160 -190

AtREG532 TAGTGGGC                        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG510 AGTGGGCT                       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518   GTGGGCTT                      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTATAAAGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601      GGCTTTATAAAGCC             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG376    TGGGCTTT  AAAGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378               AAGCCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372                AGCCCATT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357                 GCCCATTA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396                  CCCATTAA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604                   CCATTAAG      PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG651                        AAGCCCTA PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCGGAAA - 23080769 23080776 -314 -321

AtREG644 ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGTGGGCTTTATAAAGCCCATTAAGCCCTA`		-	23080615	23080645	-160	-190
	AtREG532	`TAGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTATAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG376	`TGGGCTTT AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG651	`AAGCCCTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCGGAAA`		-	23080769	23080776	-314	-321
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 23080759 AT3G62370.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	23080759	AT3G62370.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 23080759 AT3G62370.1

TSS clone G clone + 23080775 AT3G62370.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	23080759	AT3G62370.1
TSS clone	`G`	clone	+	23080775	AT3G62370.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAGGGCTTAATGGGCTTTATAAAGCCCACTA + 23080615 23080645 AT3G62370.1

AtREG651 TAGGGCTT                        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG604      CTTAATGG                   PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396       TTAATGGG                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357        TAATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372         AATGGGCT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378          ATGGGCTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365            GGGCTTTATAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601             GGCTTTATAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG376           TGGGCTTT  AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518                      AAGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510                       AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG532                        GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif