PlantPromoterDB promoter information of AT3G62550

Summary of Gene (AT3G62550)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G62550 TAIR NCBI
Gene model	AT3G62550
Description	universal stress protein (USP) family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to stress; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UspA (InterPro:IPR006016), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Universal stress protein A (InterPro:IPR006015); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ethylene-responsive protein, putative (TAIR:AT1G09740.1); Has 1616 Blast hits to 1599 proteins in 385 species: Archae - 141; Bacteria - 962; Metazoa - 41; Fungi - 11; Plants - 403; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 58 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 23135194-23136393)

`Genome position from initiation codon` `AT3G62550.1 TSS from cDNA TSS information AT3G62550 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G62540.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G62550

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 41 + 23136112 -82

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	41	+	23136112	-82

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 23135827 -367

TSS clone C clone + 23135910 -284

TSS clone A clone + 23136112 -82

TSS clone T clone + 23136113 -81

TSS clone A clone + 23136115 -79

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	23135827	-367
TSS clone	`C`	clone	+	23135910	-284
TSS clone	`A`	clone	+	23136112	-82
TSS clone	`T`	clone	+	23136113	-81
TSS clone	`A`	clone	+	23136115	-79

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATAAATA + 23136076 23136085 -118 -109

Y Patch TCTCTTCTTCC + 23136101 23136111 -93 -83

Y Patch TCTTCTTC + 23136118 23136125 -76 -69

Y Patch TTTCTTCTCT + 23136134 23136143 -60 -51

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATAAATA`	+	23136076	23136085	-118	-109
Y Patch	`TCTCTTCTTCC`	+	23136101	23136111	-93	-83
Y Patch	`TCTTCTTC`	+	23136118	23136125	-76	-69
Y Patch	`TTTCTTCTCT`	+	23136134	23136143	-60	-51
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCCTGA + 23135909 23135916 -285 -278

AtREG595 ACCCCTGA CK PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCCTGA`		+	23135909	23135916	-285	-278
	AtREG595	`ACCCCTGA`	CK	PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None