PlantPromoterDB promoter information of AT3G63190.1

Summary of Gene (AT3G63190.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G63190 TAIR NCBI
Gene model	AT3G63190.1
Description	RIBOSOME RECYCLING FACTOR, CHLOROPLAST PRECURSOR (RRF); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: defense response to bacterium, translation; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosome recycling factor, bacterial-like (InterPro:IPR015998), Ribosome recycling factor (InterPro:IPR002661); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosome recycling factor family protein / ribosome releasing factor family protein (TAIR:AT3G01800.1); Has 5492 Blast hits to 5492 proteins in 1475 species: Archae - 0; Bacteria - 2924; Metazoa - 104; Fungi - 52; Plants - 56; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2356 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 23345640-23344441)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G63190.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G63190.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 23344698 -58

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	23344698	-58

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 23344769 -129

TSS clone A clone - 23344768 -128

TSS clone C clone - 23344717 -77

TSS clone C clone - 23344713 -73

TSS clone A clone - 23344707 -67

TSS clone A clone - 23344706 -66

TSS clone T clone - 23344705 -65

TSS clone T clone - 23344699 -59

TSS clone A clone - 23344689 -49

TSS clone A clone - 23344667 -27

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	23344769	-129
TSS clone	`A`	clone	-	23344768	-128
TSS clone	`C`	clone	-	23344717	-77
TSS clone	`C`	clone	-	23344713	-73
TSS clone	`A`	clone	-	23344707	-67
TSS clone	`A`	clone	-	23344706	-66
TSS clone	`T`	clone	-	23344705	-65
TSS clone	`T`	clone	-	23344699	-59
TSS clone	`A`	clone	-	23344689	-49
TSS clone	`A`	clone	-	23344667	-27

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCCTCC - 23344713 23344720 -73 -80

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCCTCC`	-	23344713	23344720	-73	-80
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACGGCCCATTAAGGCCCACA - 23344811 23344831 -171 -191

AtREG499 TACGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604       CCATTAAG        PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG416          TTAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351           TAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353            AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482             AGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG612              GGCCCACA DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATATGGGCTA - 23344856 23344865 -216 -225

AtREG432 ATATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581   ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACGGCCCATTAAGGCCCACA`		-	23344811	23344831	-171	-191
	AtREG499	`TACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG612	`GGCCCACA`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`ATATGGGCTA`		-	23344856	23344865	-216	-225
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None