PlantPromoterDB promoter information of AT3G63500.2

Summary of Gene (AT3G63500.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G63500 TAIR NCBI
Gene model	AT3G63500.2
Description	unknown protein; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1423, plant (InterPro:IPR004082); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G14740.1); Has 2817 Blast hits to 2297 proteins in 310 species: Archae - 8; Bacteria - 278; Metazoa - 1232; Fungi - 288; Plants - 201; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 800 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 23450991-23449792)

`Genome position from initiation codon` `AT3G63500.1 TSS from cDNA TSS information AT3G63500.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G63510.1 AT3G63510.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G63500.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 23450250 -259

TSS peak A 4 - 23450234 -243

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	23450250	-259
TSS peak	`A`	4	-	23450234	-243

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 23450201 -210

TSS clone C clone - 23450198 -207

TSS clone G clone - 23450194 -203

TSS clone C clone - 23450189 -198

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	23450201	-210
TSS clone	`C`	clone	-	23450198	-207
TSS clone	`G`	clone	-	23450194	-203
TSS clone	`C`	clone	-	23450189	-198

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCCTCCTCCT - 23450196 23450210 -205 -219

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCCTCCTCCT`	-	23450196	23450210	-205	-219
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGACG - 23450328 23450335 -337 -344

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGACACG - 23450367 23450374 -376 -383

AtREG428 ACGACACG ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG TGATGGGCCTTAC - 23450484 23450496 -493 -505

AtREG635 TGATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG530      GGCCTTAC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGACG`		-	23450328	23450335	-337	-344
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGACACG`		-	23450367	23450374	-376	-383
	AtREG428	`ACGACACG`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGATGGGCCTTAC`		-	23450484	23450496	-493	-505
	AtREG635	`TGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG530	`GGCCTTAC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 23450542 AT3G63510.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	23450542	AT3G63510.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGGCTTTTT - 23449826 23449834 AT3G63500.1

AtREG409 GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif