PlantPromoterDB promoter information of AT4G00030.1

Summary of Gene (AT4G00030.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G00030 TAIR NCBI
Gene model	AT4G00030.1
Description	plastid-lipid associated protein PAP / fibrillin family protein; FUNCTIONS IN: structural molecule activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PAP fibrillin (InterPro:IPR006843); Has 126 Blast hits to 126 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 112; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12565-13764)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G00030.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G00026.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G00030.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 13527 -38

TSS clone peak A clone + 13549 -16

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	13527	-38
TSS clone peak	`A`	clone	+	13549	-16

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTCTTCTTCTTC + 13511 13526 -54 -39

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTCTTCTTCTTC`	+	13511	13526	-54	-39
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGACACGTGAC + 13397 13407 -168 -158

AtREG470 AGACACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366 GACACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG628   ACACGTGA DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG583    CACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CGCACGTG + 13409 13416 -156 -149

AtREG541 CGCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG TTGGGCTTGGGCTTAG + 13429 13444 -136 -121

AtREG407 TTGGGCTTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525 TGGGCTTG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426        TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634         GGGCTTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCTTTTT + 13472 13484 -93 -81

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589      GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGACACGTGAC`		+	13397	13407	-168	-158
	AtREG470	`AGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG366	`GACACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG628	`ACACGTGA`	DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG583	`CACGTGAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`CGCACGTG`		+	13409	13416	-156	-149
	AtREG541	`CGCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`TTGGGCTTGGGCTTAG`		+	13429	13444	-136	-121
	AtREG407	`TTGGGCTTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCTTTTT`		+	13472	13484	-93	-81
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 13359 AT4G00026.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	13359	AT4G00026.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 13350 AT4G00026.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	13350	AT4G00026.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTCACGTGT - 13399 13407 AT4G00026.1

AtREG583 GTCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG628 TCACGTGT DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG CACGTGCG - 13409 13416 AT4G00026.1

AtREG541 CACGTGCG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CTAAGCCCAAGCCCAA - 13429 13444 AT4G00026.1

AtREG634 CTAAGCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525        CAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAAAGCCCATTT - 13472 13484 AT4G00026.1

AtREG589 AAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372     AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386      GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACCGG - 13623 13630 AT4G00026.1

AtREG542 AAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif