PlantPromoterDB promoter information of AT4G00840.1

Summary of Gene (AT4G00840.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G00840 TAIR NCBI
Gene model	AT4G00840.1
Description	zinc ion binding; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, DHHC-type (InterPro:IPR001594); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (DHHC type) family protein (TAIR:AT3G60800.1); Has 3992 Blast hits to 3990 proteins in 184 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1955; Fungi - 533; Plants - 396; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1108 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 358105-356906)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G00840.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G00850.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G00840.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 357267 -162

TSS peak C 2 - 357214 -109

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	357267	-162
TSS peak	`C`	2	-	357214	-109

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 357220 -115

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	357220	-115

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTATAAAGA - 357300 357310 -195 -205

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTATAAAGA`	-	357300	357310	-195	-205
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTATTGGGCCTGTTAATGGGCCTTAT - 357305 357330 -200 -225

AtREG417 TTATTGGG                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG433      GGGCCTGT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG396             TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357              TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361               AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353                 TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351                  GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425                   GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTACACGTGGCAC - 357395 357407 -290 -302

AtREG562 GTACACGT      ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG453 TACACGTG     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG382   ACACGTGG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG367    CACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379     ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG444      CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTATTGGGCCTGTTAATGGGCCTTAT`		-	357305	357330	-200	-225
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG433	`GGGCCTGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GTACACGTGGCAC`		-	357395	357407	-290	-302
	AtREG562	`GTACACGT`	ABA, Auxin	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG444	`CGTGGCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 357455 AT4G00850.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	357455	AT4G00850.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 357551 AT4G00850.1

TSS clone G clone + 357608 AT4G00850.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	357551	AT4G00850.1
TSS clone	`G`	clone	+	357608	AT4G00850.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGGTTCGG + 357208 357215 AT4G00850.1

AtREG655 TGGTTCGG PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGACGA + 357221 357228 AT4G00850.1

AtREG648 AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAGGCCCATTAACAGGCCCAATAA + 357305 357330 AT4G00850.1

AtREG425 ATAAGGCC                   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG433              ACAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370               CAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                 GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355                  GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417                   CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGCCACGTGTAC + 357395 357407 AT4G00850.1

AtREG444 GTGCCACG      PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG382    CCACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG453     CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG562      ACGTGTAC ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG