PlantPromoterDB promoter information of AT4G00860.1

Summary of Gene (AT4G00860.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G00860 TAIR NCBI
Gene model	AT4G00860.1
Description	putative pathogenesis-related protein whose transcript level is induced in response to ozone and pathogenic Pseudomonas strains.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 360868-359669)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G00860.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G00860.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 360434 -566

TSS peak T 8 - 359874 -6

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	360434	-566
TSS peak	`T`	8	-	359874	-6

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 360493 -625

TSS clone A clone - 360474 -606

TSS clone T clone - 360466 -598

TSS clone A clone - 360436 -568

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	360493	-625
TSS clone	`A`	clone	-	360474	-606
TSS clone	`T`	clone	-	360466	-598
TSS clone	`A`	clone	-	360436	-568

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTC - 360423 360430 -555 -562

Y Patch TTTCTTCT - 360459 360466 -591 -598

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTC`	-	360423	360430	-555	-562
Y Patch	`TTTCTTCT`	-	360459	360466	-591	-598
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGGGCCCATAATGGCCCAATAT - 360532 360556 -664 -688

AtREG386 AAATGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCCAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364      GGCCCATA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394       GCCCATAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG437              ATGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420               TGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355                 GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509                  CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGCCCAATTA - 360577 360588 -709 -720

AtREG445 GTGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418    GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600     CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCCAAT - 360597 360608 -729 -740

AtREG572 AGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446     GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TATGGCCCAAT - 360669 360679 -801 -811

AtREG479 TATGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437 ATGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGGGCCCATAATGGCCCAATAT`		-	360532	360556	-664	-688
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGCCCAATTA`		-	360577	360588	-709	-720
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGATGGGCCAAT`		-	360597	360608	-729	-740
	AtREG572	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TATGGCCCAAT`		-	360669	360679	-801	-811
	AtREG479	`TATGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None