PlantPromoterDB promoter information of AT4G01010.1

Summary of Gene (AT4G01010.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G01010 TAIR NCBI
Gene model	AT4G01010.1
Description	member of Cyclic nucleotide gated channel family

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 438242-437043)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G01010.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G01010.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 437579 -337

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	437579	-337

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTAGGCCCATCA - 437659 437671 -417 -429

AtREG535 GTTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403     GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG635      GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCTTTTA - 437678 437690 -436 -448

AtREG418 AATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402 ATTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549      GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTAGGCCCATCA`		-	437659	437671	-417	-429
	AtREG535	`GTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG403	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCTTTTA`		-	437678	437690	-436	-448
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None