PlantPromoterDB promoter information of AT4G01290.1

Summary of Gene (AT4G01290.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G01290 TAIR NCBI
Gene model	AT4G01290.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 1490 Blast hits to 1141 proteins in 165 species: Archae - 0; Bacteria - 129; Metazoa - 747; Fungi - 206; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 335 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 550982-549783)

`Genome position from initiation codon` `AT4G01328.1 TSS from cDNA TSS information AT4G01290.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G01330.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G01290.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 543867 -585

TSS clone peak A clone - 543857 -575

TSS clone A clone - 543841 -559

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	543867	-585
TSS clone peak	`A`	clone	-	543857	-575
TSS clone	`A`	clone	-	543841	-559

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCTT - 543873 543881 -591 -599

Y Patch CTCTTCTT - 543900 543907 -618 -625

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCTT`	-	543873	543881	-591	-599
Y Patch	`CTCTTCTT`	-	543900	543907	-618	-625
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGCGCGTG - 543945 543952 -663 -670

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AGCGCGTGA - 543969 543977 -687 -695

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG395 GCGCGTGA PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGCGCGTG`		-	543945	543952	-663	-670
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AGCGCGTGA`		-	543969	543977	-687	-695
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG395	`GCGCGTGA`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 + 550554 AT4G01330.1

TSS peak A 4 + 550687 AT4G01330.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	+	550554	AT4G01330.1
TSS peak	`A`	4	+	550687	AT4G01330.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTCT + 550556 550564 AT4G01330.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTCT`	+	550556	550564	AT4G01330.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGTCCCAC + 550278 550285 AT4G01330.1

AtREG406 GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CGTCATTT + 550316 550323 AT4G01330.1

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTCCGGTTC + 550539 550548 AT4G01330.1

AtREG644 TTTCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534 TTCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGTCATTT + 550582 550589 AT4G01330.1

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif