PlantPromoterDB promoter information of AT4G01310

Summary of Gene (AT4G01310)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G01310 TAIR NCBI
Gene model	AT4G01310
Description	ribosomal protein L5 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L5 (InterPro:IPR002132); Has 6408 Blast hits to 6408 proteins in 1765 species: Archae - 218; Bacteria - 2994; Metazoa - 181; Fungi - 187; Plants - 230; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2598 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 546480-545281)

`Genome position from initiation codon` `AT4G01310.1 TSS from cDNA TSS information AT4G01310 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G01320.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G01310

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 545500 -20

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	545500	-20

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 545547 -67

TSS clone A clone - 545534 -54

TSS clone A clone - 545531 -51

TSS clone C clone - 545511 -31

TSS clone C clone - 545506 -26

TSS clone C clone - 545504 -24

TSS clone T clone - 545499 -19

TSS clone C clone - 545495 -15

TSS clone G clone - 545491 -11

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	545547	-67
TSS clone	`A`	clone	-	545534	-54
TSS clone	`A`	clone	-	545531	-51
TSS clone	`C`	clone	-	545511	-31
TSS clone	`C`	clone	-	545506	-26
TSS clone	`C`	clone	-	545504	-24
TSS clone	`T`	clone	-	545499	-19
TSS clone	`C`	clone	-	545495	-15
TSS clone	`G`	clone	-	545491	-11

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTTC - 545467 545474 13 6

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTTC`	-	545467	545474	13	6
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATATTGGGGCCTTAG - 545624 545638 -144 -158

AtREG509 ATATTGGG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351       GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG577        GGCCTTAG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTAGGCCCATAT - 545693 545705 -213 -225

AtREG430 TTTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364     GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432      GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAAGCCCAAAT - 545722 545732 -242 -252

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421    GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATATTGGGGCCTTAG`		-	545624	545638	-144	-158
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG577	`GGCCTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTTAGGCCCATAT`		-	545693	545705	-213	-225
	AtREG430	`TTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAAGCCCAAAT`		-	545722	545732	-242	-252
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 545802 AT4G01320.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	545802	AT4G01320.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 545796 AT4G01320.1

TSS clone A clone + 545804 AT4G01320.1

TSS clone G clone + 545829 AT4G01320.1

TSS clone C clone + 545844 AT4G01320.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	545796	AT4G01320.1
TSS clone	`A`	clone	+	545804	AT4G01320.1
TSS clone	`G`	clone	+	545829	AT4G01320.1
TSS clone	`C`	clone	+	545844	AT4G01320.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTCTTT + 545808 545816 AT4G01320.1

Y Patch CTTTCTTC + 545830 545837 AT4G01320.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTCTTT`	+	545808	545816	AT4G01320.1
Y Patch	`CTTTCTTC`	+	545830	545837	AT4G01320.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTAAGGCCCCAATAT + 545624 545638 AT4G01320.1

AtREG577 CTAAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG509        CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATGGGCCTAAA + 545693 545705 AT4G01320.1

AtREG432 ATATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430      GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTTGGGCTTC + 545722 545732 AT4G01320.1

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476    TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY