version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G01870.1

Summary of Gene (AT4G01870.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G01870  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G01870.1  
Description tolB protein-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to cyclopentenone; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40-like Beta Propeller (InterPro:IPR011659), Six-bladed beta-propeller, TolB-like (InterPro:IPR011042); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G21680.1); Has 4671 Blast hits to 3161 proteins in 698 species: Archae - 22; Bacteria - 2093; Metazoa - 16; Fungi - 28; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2449 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 808931-807732)

Genome position     
from initiation codon
AT4G01860.1         
AT4G01860.2         
AT4G01865           
AT4G01865.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G01870.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G01870.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-811250-819

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-810446-15
TSS cloneTclone-810445-14

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAGCCCAGTA-811428811438-997-1007
 AtREG376AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG434   GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG5-808049AT4G01860.1, AT4G01860.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-808060AT4G01860.1, AT4G01860.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGAAGCCCAAAT-808131808141AT4G01860.1, AT4G01860.2
 AtREG476GAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469  AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG421   GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAAAGCCCATATA-808143808156AT4G01860.1, AT4G01860.2
 AtREG549TAAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477    AGCCCATA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG432     GCCCATAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG620      CCCATATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAGCCCATTAA-808165808176AT4G01860.1, AT4G01860.2
 AtREG426TAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372  AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357   GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396    CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGTATTGGGCCCT-808230808240AT4G01860.1, AT4G01860.2
 AtREG355TATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352 ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392  TTGGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG400   TGGGCCCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.