version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G01870.1

Summary of Gene (AT4G01870.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G01870  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G01870.1  
Description tolB protein-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to cyclopentenone; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40-like Beta Propeller (InterPro:IPR011659), Six-bladed beta-propeller, TolB-like (InterPro:IPR011042); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G21680.1); Has 4671 Blast hits to 3161 proteins in 698 species: Archae - 22; Bacteria - 2093; Metazoa - 16; Fungi - 28; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2449 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 821781-820582)

Genome position     
from initiation codon
AT4G01897.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G01870.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT4G01900.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G01870.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-811250-819

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-810446-15
TSS cloneTclone-810445-14

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAGCCCAGTA-811428811438-997-1007
 AtREG376AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG434   GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13+821679AT4G01900.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+821685AT4G01900.1
TSS cloneGclone+821686AT4G01900.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCCTTC+821652821659AT4G01900.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCTAAACCGA+821554821562AT4G01900.1
 AtREG511CTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTAAACCGGAAA+821564821575AT4G01900.1
 AtREG511CTAAACCG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534   AACCGGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG644    ACCGGAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTAAACCGGTTTT+821588821600AT4G01900.1
 AtREG511CTAAACCG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  AAACCGGTTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG542     CCGGTTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTAAACCGACT+821606821616AT4G01900.1
 AtREG511CTAAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG641   AACCGACT PPDB MotifAACCG(G/A), CCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.