PlantPromoterDB promoter information of AT4G02200

Summary of Gene (AT4G02200)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G02200 TAIR NCBI
Gene model	AT4G02200
Description	drought-responsive family protein; INVOLVED IN: response to water deprivation; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Drought induced 19 (InterPro:IPR008598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc ion binding (TAIR:AT1G02750.1).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 971776-972975)

`Genome position from initiation codon` `AT4G02200.1 AT4G02200.2 AT4G02200.3 TSS from cDNA TSS information AT4G02200 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G02195.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G02200

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 972726 -50

TSS clone peak A clone + 972732 -44

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	972726	-50
TSS clone peak	`A`	clone	+	972732	-44

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGGCGG + 972478 972485 -298 -291

AtREG560 CGTGGCGG ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif GCCAC

REG AAAGTCAA + 972489 972496 -287 -280

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GACCGGTTA + 972537 972545 -239 -231

AtREG552 GACCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503 ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGGCGG`		+	972478	972485	-298	-291
	AtREG560	`CGTGGCGG`	ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`AAAGTCAA`		+	972489	972496	-287	-280
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GACCGGTTA`		+	972537	972545	-239	-231
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 972315 AT4G02195.1

TSS peak G 2 - 972308 AT4G02195.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	972315	AT4G02195.1
TSS peak	`G`	2	-	972308	AT4G02195.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 972307 AT4G02195.1

TSS clone T clone - 972304 AT4G02195.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	972307	AT4G02195.1
TSS clone	`T`	clone	-	972304	AT4G02195.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCCTTC - 972343 972352 AT4G02195.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCCTTC`	-	972343	972352	AT4G02195.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAATGGGCCTAAAAAGGCCCAAAT - 972354 972378 AT4G02195.1

AtREG443 TAAATGGG                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430       GGCCTAAA            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG459             AAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359              AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353               AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373                 GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421                  GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAGCCCAATAT - 972380 972392 AT4G02195.1

AtREG462 ATAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509      CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG CCGCCACG - 972478 972485 AT4G02195.1

AtREG560 CCGCCACG ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif GCCAC

REG TTGACTTT - 972489 972496 AT4G02195.1

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TAACCGGTC - 972537 972545 AT4G02195.1

AtREG503 TAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG552 AACCGGTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif