PlantPromoterDB promoter information of AT4G02220.1

Summary of Gene (AT4G02220.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G02220 TAIR NCBI
Gene model	AT4G02220.1
Description	zinc finger (MYND type) family protein / programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Programmed cell death protein 2, C-terminal (InterPro:IPR007320), Zinc finger, MYND-type (InterPro:IPR002893); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein (TAIR:AT5G64830.1); Has 702 Blast hits to 666 proteins in 150 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 368; Fungi - 111; Plants - 110; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 113 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 975728-976927)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G02220.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G02210.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G02220.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 976295 -433

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	976295	-433

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 976307 -421

TSS clone G clone + 976351 -377

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	976307	-421
TSS clone	`G`	clone	+	976351	-377

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTATGGGCTTAT + 976196 976207 -532 -521

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462     GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATTGGGCTTAG + 976214 976226 -514 -502

AtREG417 TTATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634      GGGCTTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATAGGCCTAT + 976232 976242 -496 -486

AtREG487 TATAGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG649 ATAGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAACGACA + 976245 976253 -483 -475

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTATGGGCTTAT`		+	976196	976207	-532	-521
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTATTGGGCTTAG`		+	976214	976226	-514	-502
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATAGGCCTAT`		+	976232	976242	-496	-486
	AtREG487	`TATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG649	`ATAGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAACGACA`		+	976245	976253	-483	-475
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 976129 AT4G02210.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	976129	AT4G02210.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAAGCCCATAA - 976196 976207 AT4G02210.1

AtREG462 ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477    AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAAGCCCAATAA - 976214 976226 AT4G02210.1

AtREG634 CTAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417      CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAGGCCTATA - 976232 976242 AT4G02210.1

AtREG649 ATAGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487    GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG CGATGTCGTTTA - 976245 976256 AT4G02210.1

AtREG630 CGATGTCG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569    TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565     GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCCTAGA - 976262 976269 AT4G02210.1

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TGGCCCAAAA - 976274 976283 AT4G02210.1

AtREG420 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373 GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG529   GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCTTTAA - 976397 976404 AT4G02210.1

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif