PlantPromoterDB promoter information of AT4G02425.1

Summary of Gene (AT4G02425.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G02425 TAIR NCBI
Gene model	AT4G02425.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; Has 17 Blast hits to 16 proteins in 9 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 6; Fungi - 0; Plants - 11; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1069663-1068464)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G02425.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G02430.1 AT4G02430.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G02425.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 1068785 -122

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	1068785	-122

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTGACCC - 1068855 1068862 -192 -199

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG GTCACGTGAC - 1068912 1068921 -249 -258

AtREG583 GTCACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG TAGGGCTT - 1068949 1068956 -286 -293

AtREG651 TAGGGCTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTGACCC`		-	1068855	1068862	-192	-199
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`GTCACGTGAC`		-	1068912	1068921	-249	-258
	AtREG583	`GTCACGTGAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`TAGGGCTT`		-	1068949	1068956	-286	-293
	AtREG651	`TAGGGCTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 + 1068960 AT4G02430.2, AT4G02430.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	+	1068960	AT4G02430.2, AT4G02430.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 1068974 AT4G02430.2, AT4G02430.1

TSS clone C clone + 1068975 AT4G02430.2, AT4G02430.1

TSS clone T clone + 1068994 AT4G02430.2, AT4G02430.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1068974	AT4G02430.2, AT4G02430.1
TSS clone	`C`	clone	+	1068975	AT4G02430.2, AT4G02430.1
TSS clone	`T`	clone	+	1068994	AT4G02430.2, AT4G02430.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTTCTCTTCC + 1068976 1068992 AT4G02430.1, AT4G02430.2

Y Patch TTTCTCTC + 1069001 1069008 AT4G02430.1, AT4G02430.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTTCTCTTCC`	+	1068976	1068992	AT4G02430.1, AT4G02430.2
Y Patch	`TTTCTCTC`	+	1069001	1069008	AT4G02430.1, AT4G02430.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGGTCAAA + 1068855 1068862 AT4G02430.1, AT4G02430.2

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG GTCACGTG + 1068912 1068919 AT4G02430.1, AT4G02430.2

AtREG583 GTCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG