PlantPromoterDB promoter information of AT4G02430.2

Summary of Gene (AT4G02430.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G02430 TAIR NCBI
Gene model	AT4G02430.2
Description	pre-mRNA splicing factor, putative / SR1 protein, putative; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SR1; RNA binding / nucleic acid binding / nucleotide binding (TAIR:AT1G02840.3); Has 21454 Blast hits to 14252 proteins in 615 species: Archae - 10; Bacteria - 760; Metazoa - 14239; Fungi - 1994; Plants - 2024; Viruses - 303; Other Eukaryotes - 2124 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1068186-1069385)

`Genome position from initiation codon` `AT4G02430.1 TSS from cDNA TSS information AT4G02430.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G02425.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G02430.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 1068960 -226

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	1068960	-226

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 1068974 -212

TSS clone C clone + 1068975 -211

TSS clone T clone + 1068994 -192

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1068974	-212
TSS clone	`C`	clone	+	1068975	-211
TSS clone	`T`	clone	+	1068994	-192

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTTCTCTTCC + 1068976 1068992 -210 -194

Y Patch TTTCTCTC + 1069001 1069008 -185 -178

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTTCTCTTCC`	+	1068976	1068992	-210	-194
Y Patch	`TTTCTCTC`	+	1069001	1069008	-185	-178
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGTCAAA + 1068855 1068862 -331 -324

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG GTCACGTG + 1068912 1068919 -274 -267

AtREG583 GTCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGTCAAA`		+	1068855	1068862	-331	-324
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`GTCACGTG`		+	1068912	1068919	-274	-267
	AtREG583	`GTCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 1068785 AT4G02425.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	1068785	AT4G02425.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTTGACCC - 1068855 1068862 AT4G02425.1

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG GTCACGTGAC - 1068912 1068921 AT4G02425.1

AtREG583 GTCACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG TAGGGCTT - 1068949 1068956 AT4G02425.1

AtREG651 TAGGGCTT PPDB Motif PLACE Motif