PlantPromoterDB promoter information of AT4G02580.1

Summary of Gene (AT4G02580.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G02580 TAIR NCBI
Gene model	AT4G02580.1
Description	NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit, putative; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, NAD or NADH binding, oxidoreductase activity, NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone; LOCATED IN: mitochondrion, respiratory chain complex I; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit (InterPro:IPR002023), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); Has 4003 Blast hits to 4003 proteins in 890 species: Archae - 12; Bacteria - 1956; Metazoa - 160; Fungi - 76; Plants - 28; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1771 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1133586-1134785)

`Genome position from initiation codon` `AT4G02570.1 AT4G02570.2 AT4G02570.3 TSS from cDNA TSS information AT4G02580.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G02580.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 26 + 1134510 -76

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	26	+	1134510	-76

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 1134496 -90

TSS clone G clone + 1134510 -76

TSS clone T clone + 1134516 -70

TSS clone T clone + 1134518 -68

TSS clone G clone + 1134519 -67

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1134496	-90
TSS clone	`G`	clone	+	1134510	-76
TSS clone	`T`	clone	+	1134516	-70
TSS clone	`T`	clone	+	1134518	-68
TSS clone	`G`	clone	+	1134519	-67

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCCTTCTCTCTC + 1134520 1134535 -66 -51

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCCTTCTCTCTC`	+	1134520	1134535	-66	-51
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCCAACGG + 1134315 1134322 -271 -264

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TATGGGCCTTTAA + 1134340 1134352 -246 -234

AtREG364 TATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359    GGGCCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467     GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639      GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAATGGGCCTTTAA + 1134359 1134372 -227 -214

AtREG386 AAATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467      GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639       GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CAGGCCCATA + 1134445 1134454 -141 -132

AtREG370 CAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364   GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCCAACGG`		+	1134315	1134322	-271	-264
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TATGGGCCTTTAA`		+	1134340	1134352	-246	-234
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCCTTTAA`		+	1134359	1134372	-227	-214
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CAGGCCCATA`		+	1134445	1134454	-141	-132
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None