version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G02610.1

Summary of Gene (AT4G02610.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G02610  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G02610.1  
Description tryptophan synthase, alpha subunit, putative; FUNCTIONS IN: tryptophan synthase activity; INVOLVED IN: tryptophan biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tryptophan synthase, alpha chain, active site (InterPro:IPR018204), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Ribulose-phosphate binding barrel (InterPro:IPR011060), Tryptophan synthase, alpha chain (InterPro:IPR002028); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TSA1 (TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN); tryptophan synthase (TAIR:AT3G54640.1); Has 5594 Blast hits to 5594 proteins in 1308 species: Archae - 161; Bacteria - 2662; Metazoa - 5; Fungi - 121; Plants - 97; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2548 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1143762-1144961)

Genome position     
from initiation codon
AT4G02600.1         
AT4G02600.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G02610.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G02610.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakTclone+1146931-731
TSS clone peakGclone+1147634-28

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+1143993AT4G02600.1, AT4G02600.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+1143962AT4G02600.1, AT4G02600.2
TSS cloneGclone+1143990AT4G02600.1, AT4G02600.2
TSS cloneTclone+1144000AT4G02600.1, AT4G02600.2
TSS cloneTclone+1144002AT4G02600.1, AT4G02600.2
TSS cloneCclone+1144005AT4G02600.1, AT4G02600.2
TSS cloneTclone+1144017AT4G02600.1, AT4G02600.2
TSS cloneAclone+1144041AT4G02600.1, AT4G02600.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCTCTTCCT+11440171144031AT4G02600.1, AT4G02600.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAACGCGTTT+11437851143795AT4G02600.1, AT4G02600.2
 AtREG566AAAACGCG    PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG633 AAACGCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.