PlantPromoterDB promoter information of AT4G03175.1

Summary of Gene (AT4G03175.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G03175 TAIR NCBI
Gene model	AT4G03175.1
Description	protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: protein kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Serine/threonine protein kinase-related (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein kinase family protein (TAIR:AT2G40120.1); Has 11746 Blast hits to 11740 proteins in 419 species: Archae - 0; Bacteria - 1; Metazoa - 5528; Fungi - 1955; Plants - 1614; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 2639 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1403864-1402665)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G03175.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G03180.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G03175.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 + 1403205 AT4G03180.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	+	1403205	AT4G03180.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTCCTTTC + 1403215 1403229 AT4G03180.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTCCTTTC`	+	1403215	1403229	AT4G03180.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTGGGCTTATTGGGCAAGCCCAATAT + 1403009 1403034 AT4G03180.1

AtREG518 GTGGGCTT                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426 TGGGCTTA                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462   GGGCTTAT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611      CTTATTGG              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417       TTATTGGG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG525               CAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407                AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402                 AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355        TATTGGGC  GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509                   CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGGGTAT + 1403128 1403136 AT4G03180.1

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif