version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G03180.1

Summary of Gene (AT4G03180.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G03180  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G03180.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 869 Blast hits to 650 proteins in 112 species: Archae - 2; Bacteria - 20; Metazoa - 199; Fungi - 90; Plants - 42; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 516 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1407089-1408288)

Genome position     
from initiation codon
AT4G03200.1         
AT4G03200.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G03180.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT4G03190.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G03180.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+1403205-84

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTTCTCCTTTC+14032151403229-74-60
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTGGGCTTATTGGGCAAGCCCAATAT+14030091403034-280-255
 AtREG518GTGGGCTT                   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426 TGGGCTTA                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462  GGGCTTAT                 PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG611     CTTATTGG              PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG417      TTATTGGG             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG525              CAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407               AAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402                AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355       TATTGGGC  GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509                  CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAGGGTAT+14031281403136-161-153
 AtREG570TAAGGGTA  PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
 AtREG623 AAGGGTAT PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8-1407132AT4G03190.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-1407139AT4G03190.1
TSS cloneAclone-1407137AT4G03190.1
TSS cloneGclone-1407136AT4G03190.1
TSS clone peakAclone+1408159AT4G03200.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTATATATATC-14071601407171AT4G03190.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCCAATTA+14079491407956AT4G03200.1
 AtREG600CCCAATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTACACGTGTCAC+14081321408143AT4G03200.2
 AtREG453TACACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACACNNG 
 AtREG366  CACGTGTC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG389   ACGTGTCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG498    CGTGTCACABA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAACGACGTCGTTTT+14082511408264AT4G03200.2
 AtREG493AACGACGTCGTT   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431 ACGACGTCGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG415     CGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG520      GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.