PlantPromoterDB promoter information of AT4G03180.1

Summary of Gene (AT4G03180.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G03180 TAIR NCBI
Gene model	AT4G03180.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 869 Blast hits to 650 proteins in 112 species: Archae - 2; Bacteria - 20; Metazoa - 199; Fungi - 90; Plants - 42; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 516 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1407889-1409088)

`Genome position from initiation codon` `AT4G03200.1 AT4G03200.2 TSS from cDNA TSS information AT4G03180.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G03180.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 1403205 -84

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	1403205	-84

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTCCTTTC + 1403215 1403229 -74 -60

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTCCTTTC`	+	1403215	1403229	-74	-60
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGCTTATTGGGCAAGCCCAATAT + 1403009 1403034 -280 -255

AtREG518 GTGGGCTT                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426 TGGGCTTA                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462   GGGCTTAT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611      CTTATTGG              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417       TTATTGGG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG525               CAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407                AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402                 AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355        TATTGGGC  GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509                   CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGGGTAT + 1403128 1403136 -161 -153

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGCTTATTGGGCAAGCCCAATAT`		+	1403009	1403034	-280	-255
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`TATTGGGC GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAGGGTAT`		+	1403128	1403136	-161	-153
	AtREG570	`TAAGGGTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG623	`AAGGGTAT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 1408159 AT4G03200.1

TSS clone peak T clone + 1408320 AT4G03200.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	1408159	AT4G03200.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	1408320	AT4G03200.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTC + 1408323 1408330 AT4G03200.2

Y Patch TCCTCCTCC + 1408333 1408341 AT4G03200.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTC`	+	1408323	1408330	AT4G03200.2
Y Patch	`TCCTCCTCC`	+	1408333	1408341	AT4G03200.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCAATTA + 1407949 1407956 AT4G03200.1

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACACGTGTCAC + 1408132 1408143 AT4G03200.2

AtREG453 TACACGTG     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389    ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG498     CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGACGTCGTTTT + 1408251 1408264 AT4G03200.2

AtREG493 AACGACGTCGTT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431 ACGACGTCGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415      CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520       GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif