PlantPromoterDB promoter information of AT4G03205.1

Summary of Gene (AT4G03205.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G03205 TAIR NCBI
Gene model	AT4G03205.1
Description	hemf2; FUNCTIONS IN: coproporphyrinogen oxidase activity; INVOLVED IN: porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Coproporphyrinogen III oxidase (InterPro:IPR001260); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LIN2 (LESION INITIATION 2); coproporphyrinogen oxidase (TAIR:AT1G03475.1); Has 3355 Blast hits to 3354 proteins in 808 species: Archae - 0; Bacteria - 1338; Metazoa - 90; Fungi - 103; Plants - 54; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1770 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1407164-1408363)

`Genome position from initiation codon` `AT4G03200.1 AT4G03200.2 TSS from cDNA TSS information AT4G03205.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G03205.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 1412221 -593

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	1412221	-593

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 1411928 -886

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1411928	-886

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 1408159 AT4G03200.1

TSS clone peak T clone + 1408320 AT4G03200.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	1408159	AT4G03200.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	1408320	AT4G03200.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATATATATC - 1407160 1407171 AT4G03190.1

Y Patch TCTTCCTC + 1408323 1408330 AT4G03200.2

Y Patch TCCTCCTCC + 1408333 1408341 AT4G03200.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATATATATC`	-	1407160	1407171	AT4G03190.1
Y Patch	`TCTTCCTC`	+	1408323	1408330	AT4G03200.2
Y Patch	`TCCTCCTCC`	+	1408333	1408341	AT4G03200.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCAATTA + 1407949 1407956 AT4G03200.1

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACACGTGTCAC + 1408132 1408143 AT4G03200.2

AtREG453 TACACGTG     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389    ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG498     CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGACGTCGTTTT + 1408251 1408264 AT4G03200.2

AtREG493 AACGACGTCGTT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431 ACGACGTCGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415      CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520       GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif