PlantPromoterDB promoter information of AT4G03210

Summary of Gene (AT4G03210)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G03210 TAIR NCBI
Gene model	AT4G03210
Description	encodes a member of xyloglucan endotransglucosylase/hydrolases (XTHs) that catalyze the cleavage and molecular grafting of xyloglucan chains function in loosening and rearrangement of the cell wall. Gene is expressed in shoot apex region, flower buds, flower stalks and internodes bearing flowers.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1407319-1408518)

`Genome position from initiation codon` `AT4G03200.1 AT4G03200.2 TSS from cDNA TSS information AT4G03210 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G03210

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 42 + 1415952 -67

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	42	+	1415952	-67

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 1415950 -69

TSS clone A clone + 1415952 -67

TSS clone T clone + 1415953 -66

TSS clone A clone + 1415961 -58

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	1415950	-69
TSS clone	`A`	clone	+	1415952	-67
TSS clone	`T`	clone	+	1415953	-66
TSS clone	`A`	clone	+	1415961	-58

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATAAAGC + 1415915 1415926 -104 -93

Y Patch CCTCTCTCTCTT + 1415931 1415942 -88 -77

Y Patch TCTCCTTC + 1415944 1415951 -75 -68

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATAAAGC`	+	1415915	1415926	-104	-93
Y Patch	`CCTCTCTCTCTT`	+	1415931	1415942	-88	-77
Y Patch	`TCTCCTTC`	+	1415944	1415951	-75	-68
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCACACGT + 1415841 1415848 -178 -171

AtREG588 TCACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CTACGTGGCAT + 1415855 1415865 -164 -154

AtREG495 CTACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG413 TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG448    CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCACACGT`		+	1415841	1415848	-178	-171
	AtREG588	`TCACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CTACGTGGCAT`		+	1415855	1415865	-164	-154
	AtREG495	`CTACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG448	`CGTGGCAT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 1408159 AT4G03200.1

TSS clone peak T clone + 1408320 AT4G03200.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	1408159	AT4G03200.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	1408320	AT4G03200.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTC + 1408323 1408330 AT4G03200.2

Y Patch TCCTCCTCC + 1408333 1408341 AT4G03200.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTC`	+	1408323	1408330	AT4G03200.2
Y Patch	`TCCTCCTCC`	+	1408333	1408341	AT4G03200.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCAATTA + 1407949 1407956 AT4G03200.1

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACACGTGTCAC + 1408132 1408143 AT4G03200.2

AtREG453 TACACGTG     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389    ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG498     CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGACGTCGTTTT + 1408251 1408264 AT4G03200.2

AtREG493 AACGACGTCGTT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431 ACGACGTCGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415      CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520       GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif