PlantPromoterDB promoter information of AT4G03220.1

Summary of Gene (AT4G03220.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G03220 TAIR NCBI
Gene model	AT4G03220.1
Description	F-box family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), FBD (InterPro:IPR013596), FBD-like (InterPro:IPR006566); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (FBL13) (TAIR:AT5G53840.1); Has 965 Blast hits to 954 proteins in 10 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 962; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1415272-1416471)

`Genome position from initiation codon` `AT4G03210.1 AT4G03210.2 TSS from cDNA TSS information AT4G03220.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G03220.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 1417048 -424

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	1417048	-424

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATTGGGCT + 1416905 1416912 -567 -560

AtREG402 ATTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATTGGGCT`		+	1416905	1416912	-567	-560
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 42 + 1415952 AT4G03210.1, AT4G03210.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	42	+	1415952	AT4G03210.1, AT4G03210.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 1415950 AT4G03210.1, AT4G03210.2

TSS clone A clone + 1415952 AT4G03210.1, AT4G03210.2

TSS clone T clone + 1415953 AT4G03210.1, AT4G03210.2

TSS clone A clone + 1415961 AT4G03210.1, AT4G03210.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	1415950	AT4G03210.1, AT4G03210.2
TSS clone	`A`	clone	+	1415952	AT4G03210.1, AT4G03210.2
TSS clone	`T`	clone	+	1415953	AT4G03210.1, AT4G03210.2
TSS clone	`A`	clone	+	1415961	AT4G03210.1, AT4G03210.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATAAAGC + 1415915 1415926 AT4G03210.1, AT4G03210.2

Y Patch CCTCTCTCTCTT + 1415931 1415942 AT4G03210.1, AT4G03210.2

Y Patch TCTCCTTC + 1415944 1415951 AT4G03210.1, AT4G03210.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATAAAGC`	+	1415915	1415926	AT4G03210.1, AT4G03210.2
Y Patch	`CCTCTCTCTCTT`	+	1415931	1415942	AT4G03210.1, AT4G03210.2
Y Patch	`TCTCCTTC`	+	1415944	1415951	AT4G03210.1, AT4G03210.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCACACGT + 1415841 1415848 AT4G03210.1, AT4G03210.2

AtREG588 TCACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CTACGTGGCAT + 1415855 1415865 AT4G03210.1, AT4G03210.2

AtREG495 CTACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG413 TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG448    CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC