version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G03280.1

Summary of Gene (AT4G03280.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G03280  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G03280.1  
Description Encodes the Rieske FeS center of cytochrome b6f complex. Gene is expressed in shoot but not in root. Mutant has reduced electron transport at saturating light intensities and Q-cycle activity is hypersensitive to acidification of the thylakoid lumen.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 1439314-1440513)

Genome position     
from initiation codon
AT4G03280.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G03280.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G03280.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG51+1440219-95

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+1440164-150
TSS cloneCclone+1440168-146
TSS cloneGclone+1440173-141
TSS cloneCclone+1440174-140
TSS cloneTclone+1440176-138
TSS cloneCclone+1440184-130
TSS cloneTclone+1440185-129
TSS cloneCclone+1440187-127
TSS cloneTclone+1440191-123
TSS cloneAclone+1440210-104
TSS cloneCclone+1440213-101
TSS cloneTclone+1440214-100
TSS cloneCclone+1440215-99
TSS cloneTclone+1440220-94
TSS cloneTclone+1440222-92
TSS cloneTclone+1440234-80
TSS cloneCclone+1440235-79
TSS cloneTclone+1440237-77
TSS cloneTclone+1440240-74
TSS cloneCclone+1440247-67
TSS cloneAclone+1440248-66
TSS cloneTclone+1440252-62
TSS cloneGclone+1440277-37
TSS cloneTclone+1440280-34
TSS cloneTclone+1440281-33
TSS cloneTclone+1440282-32
TSS cloneTclone+1440283-31
TSS cloneCclone+1440284-30
TSS cloneGclone+1440285-29
TSS cloneGclone+1440286-28
TSS cloneAclone+1440289-25
TSS cloneAclone+1440290-24
TSS cloneCclone+1440299-15
TSS cloneTclone+1440300-14
TSS cloneCclone+1440306-8

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTCTCTCTCC+14401871440199-127-115
Y PatchTCCTCCTCC+14402371440245-77-69
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAATGGGCTA+14400041440014-310-300
 AtREG443TAAATGGG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386 AAATGGGC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG581   ATGGGCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTCAGCCCAATAAGGCCCAC+14400271440045-287-269
 AtREG609TCAGCCCA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402  AGCCCAAT          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417    CCCAATAA        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG611     CCAATAAG       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG425        ATAAGGCC    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG351         TAAGGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353          AAGGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG482           AGGCCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGATTGGCCCGTT+14400851440095-229-219
 AtREG446ATTGGCCC   CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG401   GGCCCGTT PPDB MotifAAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC 
REGTAAGCCCATTAAG+14400971440109-217-205
 AtREG426TAAGCCCA      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372  AGCCCATT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357   GCCCATTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396    CCCATTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG604     CCATTAAG PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
REGGGCGCGTG+14401701440177-144-137
 AtREG486GGCGCGTG PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.