PlantPromoterDB promoter information of AT4G07410.1

Summary of Gene (AT4G07410.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G07410 TAIR NCBI
Gene model	AT4G07410.1
Description	transducin family protein / WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transducin-related / WD-40 repeat protein-related (TAIR:AT1G27470.1); Has 7930 Blast hits to 5136 proteins in 341 species: Archae - 14; Bacteria - 2432; Metazoa - 2063; Fungi - 1810; Plants - 493; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1118 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 4206136-4204937)

`Genome position from initiation codon` `AT4G07410.2 TSS from cDNA TSS information AT4G07410.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G07410.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 4205159 -23

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	4205159	-23

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 4205221 -85

TSS clone T clone - 4205196 -60

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4205221	-85
TSS clone	`T`	clone	-	4205196	-60

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCCTTCT - 4205146 4205156 -10 -20

Y Patch CGTCTCTC - 4205169 4205176 -33 -40

Y Patch CCTCCTCTTCTTCTTCTCTCAT - 4205180 4205201 -44 -65

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCCTTCT`	-	4205146	4205156	-10	-20
Y Patch	`CGTCTCTC`	-	4205169	4205176	-33	-40
Y Patch	`CCTCCTCTTCTTCTTCTCTCAT`	-	4205180	4205201	-44	-65
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGACCCGGAACCGGAC - 4205273 4205288 -137 -152

AtREG494 CGACCCGG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG579        GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573         AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GGTCGGGTCGA - 4205301 4205311 -165 -175

AtREG405 GGTCGGGT    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG390 GTCGGGTC   PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG383   TCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG539    CGGGTCGA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGACCCGGAACCGGAC`		-	4205273	4205288	-137	-152
	AtREG494	`CGACCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GGTCGGGTCGA`		-	4205301	4205311	-165	-175
	AtREG405	`GGTCGGGT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG390	`GTCGGGTC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`TCGGGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG539	`CGGGTCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None