PlantPromoterDB promoter information of AT4G09750.1

Summary of Gene (AT4G09750.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G09750 TAIR NCBI
Gene model	AT4G09750.1
Description	short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040), Glucose/ribitol dehydrogenase (InterPro:IPR002347), Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (InterPro:IPR002198); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein (TAIR:AT4G24050.1); Has 49720 Blast hits to 49652 proteins in 1938 species: Archae - 292; Bacteria - 27546; Metazoa - 4870; Fungi - 3259; Plants - 1240; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12513 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 6145770-6146969)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G09750.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G09745.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G09750.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 6146737 -33

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	6146737	-33

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 6146690 -80

TSS clone T clone + 6146691 -79

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	6146690	-80
TSS clone	`T`	clone	+	6146691	-79

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAAGCCACGTCATC + 6146560 6146575 -210 -195

AtREG589 AAAAAGCC         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG608    AAGCCACG      ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG450     AGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG388      GCCACGTC    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG419       CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483        CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG578         ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CTACGTGGCAC + 6146603 6146613 -167 -157

AtREG495 CTACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG413 TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG444    CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG ACGTCGTC + 6146673 6146680 -97 -90

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAAGCCACGTCATC`		+	6146560	6146575	-210	-195
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG608	`AAGCCACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG450	`AGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG388	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG483	`CACGTCAT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG578	`ACGTCATC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`CTACGTGGCAC`		+	6146603	6146613	-167	-157
	AtREG495	`CTACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG444	`CGTGGCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`ACGTCGTC`		+	6146673	6146680	-97	-90
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None