PlantPromoterDB promoter information of AT4G10140.1

Summary of Gene (AT4G10140.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G10140 TAIR NCBI
Gene model	AT4G10140.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G33490.1); Has 39 Blast hits to 39 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 6321538-6322737)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G10140.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G10130.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G10140.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 6322503 -35

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	6322503	-35

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 6322475 -63

TSS clone T clone + 6322476 -62

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	6322475	-63
TSS clone	`T`	clone	+	6322476	-62

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGAACCGGAT + 6322295 6322305 -243 -233

AtREG640 TTGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579   GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCGGGTCG + 6322314 6322321 -224 -217

AtREG383 TCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTTTGGGCTTGGGCCTGA + 6322347 6322364 -191 -174

AtREG474 GTTTGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG505        CTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356         TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370          TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374           GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TGACCCGA + 6322383 6322390 -155 -148

AtREG617 TGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAATACCC + 6322411 6322418 -127 -120

AtREG602 AAATACCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGAACCGGAT`		+	6322295	6322305	-243	-233
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCGGGTCG`		+	6322314	6322321	-224	-217
	AtREG383	`TCGGGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTTTGGGCTTGGGCCTGA`		+	6322347	6322364	-191	-174
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG505	`CTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TGACCCGA`		+	6322383	6322390	-155	-148
	AtREG617	`TGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAATACCC`		+	6322411	6322418	-127	-120
	AtREG602	`AAATACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 6321643 AT4G10130.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	6321643	AT4G10130.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None