PlantPromoterDB promoter information of AT4G10345.1

Summary of Gene (AT4G10345.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	TAIR NCBI
Gene model	AT4G10345.1
Description	Encodes a microRNA of unknown function. MicroRNAs are regulatory RNAs with a mature length of ~21-nucleotides that are processed from hairpin precursors by Dicer-like enzymes. MicroRNAs can negatively regulate gene expression by attenuating translation or by directing mRNA cleavage. Mature sequence: UGCUGGGAUCGGGAAUCGAAA

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 6407160-6405961)

`Genome position` `TSS from cDNA TSS information AT4G10345.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G10330.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G10345.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 6406508 AT4G10330.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	6406508	AT4G10330.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 6406543 AT4G10330.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6406543	AT4G10330.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTATAA + 6406482 6406489 AT4G10330.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTATAA`	+	6406482	6406489	AT4G10330.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTATTGGGCTGAAGTTGGGCCTTG + 6406443 6406466 AT4G10330.1

AtREG624 CTATTGGG                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609     TGGGCTGA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG607             AGTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG449              GTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356               TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353                TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG398                 GGGCCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC