version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G10345.1

Summary of Gene (AT4G10345.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus   TAIR      NCBI 
Gene model AT4G10345.1  
Description Encodes a microRNA of unknown function. MicroRNAs are regulatory RNAs with a mature length of ~21-nucleotides that are processed from hairpin precursors by Dicer-like enzymes. MicroRNAs can negatively regulate gene expression by attenuating translation or by directing mRNA cleavage. Mature sequence: UGCUGGGAUCGGGAAUCGAAA  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 6408760-6407561)

Genome position     
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G10345.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT4G10330.1         
AT4G10340.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G10345.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA303+6408148AT4G10340.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+6408109AT4G10340.1
TSS cloneAclone+6408111AT4G10340.1
TSS cloneTclone+6408112AT4G10340.1
TSS cloneTclone+6408140AT4G10340.1
TSS cloneCclone+6408143AT4G10340.1
TSS cloneAclone+6408144AT4G10340.1
TSS cloneCclone+6408145AT4G10340.1
TSS cloneTclone+6408146AT4G10340.1
TSS cloneAclone+6408148AT4G10340.1
TSS cloneGclone+6408149AT4G10340.1
TSS cloneTclone+6408151AT4G10340.1
TSS cloneTclone+6408153AT4G10340.1
TSS cloneCclone+6408156AT4G10340.1
TSS cloneTclone+6408157AT4G10340.1
TSS cloneTclone+6408162AT4G10340.1
TSS cloneAclone+6408175AT4G10340.1
TSS cloneAclone+6408194AT4G10340.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTCCTCCTTCT+64081266408140AT4G10340.1
Y PatchCTCTTCCT+64081506408157AT4G10340.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAAAGCC+64080086408015AT4G10340.1
 AtREG549TAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.