PlantPromoterDB promoter information of AT4G12420.1

Summary of Gene (AT4G12420.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G12420 TAIR NCBI
Gene model	AT4G12420.1
Description	Encodes a protein of unknown function involved in directed root tip growth. It is a member of 19-member gene family and is distantly related structurally to the multiple-copper oxidases ascorbate oxidase and laccase, though it lacks the copper-binding domains. The protein is glycosylated and GPI-anchored. It is localized to the plasma membrane and the cell wall. The gene is expressed most strongly in expanding tissues.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 7353618-7352419)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G12420.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G12420.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 7353021 -153

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	7353021	-153

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 7353074 -206

TSS clone A clone - 7353023 -155

TSS clone A clone - 7353021 -153

TSS clone G clone - 7353020 -152

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	7353074	-206
TSS clone	`A`	clone	-	7353023	-155
TSS clone	`A`	clone	-	7353021	-153
TSS clone	`G`	clone	-	7353020	-152

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTCTATAT - 7353052 7353060 -184 -192

Y Patch CTCTCTTCTCTTTCTTCT - 7353024 7353041 -156 -173

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTCTATAT`	-	7353052	7353060	-184	-192
Y Patch	`CTCTCTTCTCTTTCTTCT`	-	7353024	7353041	-156	-173
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCTTTAT - 7353140 7353147 -272 -279

AtREG601 GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATACCCTTA - 7353236 7353244 -368 -376

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG570 TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TTAGCCCA - 7353292 7353299 -424 -431

AtREG571 TTAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCTTTAT`		-	7353140	7353147	-272	-279
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATACCCTTA`		-	7353236	7353244	-368	-376
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG570	`TACCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TTAGCCCA`		-	7353292	7353299	-424	-431
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None