PlantPromoterDB promoter information of AT4G13200.1

Summary of Gene (AT4G13200.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G13200 TAIR NCBI
Gene model	AT4G13200.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, plastoglobule; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 68 Blast hits to 68 proteins in 35 species: Archae - 0; Bacteria - 48; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 16; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 7670166-7668967)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G13200.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G13210.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G13200.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 7669214 -48

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	7669214	-48

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 7669200 -34

TSS clone T clone - 7669186 -20

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	7669200	-34
TSS clone	`T`	clone	-	7669186	-20

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TATATGGGCCTTTTAAAGCCCAAAT - 7669261 7669285 -95 -119

AtREG620 TATATGGG                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359      GGGCCTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459       GGCCTTTT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG545             TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365              TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376               AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407                AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469                 AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421                  GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCTTTTAAAGCCCAAAT - 7669298 7669316 -132 -150

AtREG459 GGCCTTTT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG545       TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365        TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376         AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407          AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469           AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421            GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TATATGGGCCTTTTAAAGCCCAAAT`		-	7669261	7669285	-95	-119
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCTTTTAAAGCCCAAAT`		-	7669298	7669316	-132	-150
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None