version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G13820.1

Summary of Gene (AT4G13820.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G13820  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G13820.1  
Description disease resistance family protein / LRR family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, kinase activity; INVOLVED IN: signal transduction; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: stem, leaf whorl, hypocotyl, root, leaf; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leucine-rich repeat, N-terminal (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AtRLP50 (Receptor Like Protein 50); kinase/ protein binding (TAIR:AT4G13920.1); Has 52051 Blast hits to 16651 proteins in 741 species: Archae - 20; Bacteria - 2791; Metazoa - 12150; Fungi - 442; Plants - 33000; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 3628 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 7999594-7998395)

Genome position     
from initiation codon
AT4G13780.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G13820.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G13820.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-8010743-49

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA10-7998515AT4G13780.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-7998515AT4G13780.1
TSS cloneTclone-7998500AT4G13780.1
TSS cloneTclone-7998487AT4G13780.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTTCTCCTCT-79984897998500AT4G13780.1
Y PatchCTTCTCTT-79985217998528AT4G13780.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCTTAACCGGAT-79985737998583AT4G13780.1
 AtREG605CTTAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG501 TTAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG621  TAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG561   AACCGGAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCAAACCGGAAA-79986107998620AT4G13780.1
 AtREG496CAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 AAACCGGA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534  AACCGGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG644   ACCGGAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTCCGGTTTAA-79986707998680AT4G13780.1
 AtREG534TTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412  CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473   CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.