PlantPromoterDB promoter information of AT4G13830

Summary of Gene (AT4G13830)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G13830 TAIR NCBI
Gene model	AT4G13830
Description	DnaJ-like protein (J20); nuclear gene

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 7998418-7999617)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G13830 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G13780.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G13830

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 8011402 -116

TSS clone peak A clone + 8011432 -86

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	8011402	-116
TSS clone peak	`A`	clone	+	8011432	-86

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCCTCCCTCTCTCCC + 8011406 8011423 -112 -95

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCCTCCCTCTCTCCC`	+	8011406	8011423	-112	-95
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTAATGGGCT + 8011225 8011234 -293 -284

AtREG558 CTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG GAAGCCCAAAA + 8011248 8011258 -270 -260

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529    GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAGGGC + 8011265 8011272 -253 -246

AtREG616 ATAAGGGC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAATACCCTT + 8011361 8011370 -157 -148

AtREG602 AAATACCC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG567 AATACCCT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623   ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTAATGGGCT`		+	8011225	8011234	-293	-284
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`GAAGCCCAAAA`		+	8011248	8011258	-270	-260
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAAGGGC`		+	8011265	8011272	-253	-246
	AtREG616	`ATAAGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAATACCCTT`		+	8011361	8011370	-157	-148
	AtREG602	`AAATACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG567	`AATACCCT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 10 - 7998515 AT4G13780.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	10	-	7998515	AT4G13780.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 7998515 AT4G13780.1

TSS clone T clone - 7998500 AT4G13780.1

TSS clone T clone - 7998487 AT4G13780.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	7998515	AT4G13780.1
TSS clone	`T`	clone	-	7998500	AT4G13780.1
TSS clone	`T`	clone	-	7998487	AT4G13780.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCTCCTCT - 7998489 7998500 AT4G13780.1

Y Patch CTTCTCTT - 7998521 7998528 AT4G13780.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCTCCTCT`	-	7998489	7998500	AT4G13780.1
Y Patch	`CTTCTCTT`	-	7998521	7998528	AT4G13780.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTTAACCGGAT - 7998573 7998583 AT4G13780.1

AtREG605 CTTAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 TTAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG621   TAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAAACCGGAAA - 7998610 7998620 AT4G13780.1

AtREG496 CAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644    ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTCCGGTTTAA - 7998670 7998680 AT4G13780.1

AtREG534 TTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473    CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif