version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G14330.1

Summary of Gene (AT4G14330.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G14330  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G14330.1  
Description phragmoplast-associated kinesin-related protein 2 (PAKRP2); FUNCTIONS IN: microtubule motor activity, ATP binding; INVOLVED IN: microtubule-based movement; LOCATED IN: phragmoplast; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Kinesin, motor region (InterPro:IPR001752); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATK1 (ARABIDOPSIS THALIANA KINESIN 1); microtubule motor/ minus-end-directed microtubule motor (TAIR:AT4G21270.1); Has 19997 Blast hits to 14982 proteins in 632 species: Archae - 102; Bacteria - 784; Metazoa - 9932; Fungi - 1679; Plants - 1066; Viruses - 71; Other Eukaryotes - 6363 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8243228-8244427)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G14330.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT4G14320.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G14330.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+8244194-34

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTCTCTCTCT+82441638244175-65-53
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCATTGGGCCTCT+82439228243933-306-295
 AtREG461CATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352 ATTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG447   TGGGCCTC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG411    GGGCCTCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGAAAAAGCCCATTAA+82439428243955-286-273
 AtREG589AAAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372    AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357     GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396      CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGTCAGGCCCATCT+82439698243980-259-248
 AtREG374TCAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG370 CAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG403   GGCCCATC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG572    GCCCATCT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGCCGTTTA+82440688244075-160-153
 AtREG613GCCGTTTA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA34-8243858AT4G14320.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-8243883AT4G14320.1
TSS cloneTclone-8243876AT4G14320.1
TSS cloneAclone-8243857AT4G14320.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTCTTATA-82438848243891AT4G14320.1
Y PatchTCTCTCTT-82438878243894AT4G14320.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAGAGGCCCAATG-82439228243933AT4G14320.1
 AtREG411AGAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG447 GAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352   GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG461    GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTAATGGGCTTTTT-82439428243955AT4G14320.1
 AtREG396TTAATGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409     GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG589      GGCTTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAGATGGGCCTGA-82439698243980AT4G14320.1
 AtREG572AGATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG403 GATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG370   TGGGCCTG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG374    GGGCCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGTAAACGGC-82440688244075AT4G14320.1
 AtREG613TAAACGGC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.