PlantPromoterDB promoter information of AT4G14455.1

Summary of Gene (AT4G14455.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G14455 TAIR NCBI
Gene model	AT4G14455.1
Description	Encodes a Bet1/Sft1-like SNARE protein, which can only partially suppresses the temperature-sensitive growth defect in <i>sft1-1</i> yeast cells; however, it cannot support the deletion of the yeast BET1 gene (<i>bet1Δ</i>). In yeast, Bet1p is the v-SNARE (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor adaptor protein receptor, V-type) involved in trafficking between the ER and Golgi.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8309482-8310681)

`Genome position from initiation codon` `AT4G14450.1 TSS from cDNA TSS information AT4G14455.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G14455.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 8310346 -136

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	8310346	-136

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 8310340 -142

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	8310340	-142

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTCTTCTTCT + 8310301 8310317 -181 -165

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTCTTCTTCT`	+	8310301	8310317	-181	-165
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAATGGG + 8310059 8310066 -423 -416

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCTAGGGT + 8310171 8310178 -311 -304

AtREG658 TCTAGGGT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ATATGGGCCGAA + 8310253 8310264 -229 -218

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427     GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TAAAGCCCAGTAAGCCCAATT + 8310266 8310286 -216 -196

AtREG365 TAAAGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG434     GCCCAGTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426           TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407            AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402             AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418              GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAATGGG`		+	8310059	8310066	-423	-416
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCTAGGGT`		+	8310171	8310178	-311	-304
	AtREG658	`TCTAGGGT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCGAA`		+	8310253	8310264	-229	-218
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG427	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TAAAGCCCAGTAAGCCCAATT`		+	8310266	8310286	-216	-196
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG434	`GCCCAGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None