PlantPromoterDB promoter information of AT4G14600.1

Summary of Gene (AT4G14600.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G14600 TAIR NCBI
Gene model	AT4G14600.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil region (InterPro:IPR000727); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G29060.1); Has 95 Blast hits to 95 proteins in 38 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 27; Fungi - 19; Plants - 44; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8375562-8376761)

`Genome position from initiation codon` `AT4G14590.1 TSS from cDNA TSS information AT4G14600.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G14600.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 8376538 -24

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	8376538	-24

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 8376516 -46

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8376516	-46

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCCTC + 8376496 8376504 -66 -58

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCCTC`	+	8376496	8376504	-66	-58
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGGTTCAA + 8376320 8376329 -242 -233

AtREG528 ACCGGTTC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG640   CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTAACCG + 8376353 8376360 -209 -202

AtREG645 TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG ATCCAACGGTTAAA + 8376385 8376398 -177 -164

AtREG586 ATCCAACG       PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG      PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG645       CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TAAAACGCAGCGTTTTA + 8376433 8376449 -129 -113

AtREG369      CGCAGCGT     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG626        CAGCGTTT   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564 TAAAACGC GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAAACGAC + 8376453 8376460 -109 -102

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCATTAACCCGAC + 8376465 8376478 -97 -84

AtREG396 CCCATTAA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG580       AACCCGAC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG TTTGACCC + 8376481 8376488 -81 -74

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGGTTCAA`		+	8376320	8376329	-242	-233
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG640	`CGGTTCAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTAACCG`		+	8376353	8376360	-209	-202
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`ATCCAACGGTTAAA`		+	8376385	8376398	-177	-164
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`TAAAACGCAGCGTTTTA`		+	8376433	8376449	-129	-113
	AtREG369	`CGCAGCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG564	`TAAAACGC GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAAACGAC`		+	8376453	8376460	-109	-102
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCATTAACCCGAC`		+	8376465	8376478	-97	-84
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG580	`AACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`TTTGACCC`		+	8376481	8376488	-81	-74
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None