PlantPromoterDB promoter information of AT4G14905.1

Summary of Gene (AT4G14905.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G14905 TAIR NCBI
Gene model	AT4G14905.1
Description	kelch repeat-containing F-box family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: kelch repeat-containing F-box family protein (TAIR:AT4G39240.1); Has 1209 Blast hits to 1171 proteins in 90 species: Archae - 0; Bacteria - 13; Metazoa - 536; Fungi - 5; Plants - 603; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 38 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8528997-8527798)

`Genome position from initiation codon` `AT4G14905.2 AT4G14910.1 AT4G14910.2 TSS from cDNA TSS information AT4G14905.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G14905.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 8528007 -10

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	8528007	-10

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 8528010 -13

TSS clone T clone - 8528003 -6

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8528010	-13
TSS clone	`T`	clone	-	8528003	-6

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC - 8528011 8528018 -14 -21

Y Patch TTTCTTCTCC - 8528021 8528030 -24 -33

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	8528011	8528018	-14	-21
Y Patch	`TTTCTTCTCC`	-	8528021	8528030	-24	-33
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGGGCTTTATAGGCCCATTT - 8528061 8528083 -64 -86

AtREG386 AAATGGGC       GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601      GGCTTTAT           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487           TATAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362            ATAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358             TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354              AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361               GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AGGCCTATT - 8528090 8528098 -93 -101

AtREG649 AGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG424 GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

REG TCGTCGTTTC - 8528134 8528143 -137 -146

AtREG648 TCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576   GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGGGCTTTATAGGCCCATTT`		-	8528061	8528083	-64	-86
	AtREG386	`AAATGGGC GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG487	`TATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`AGGCCTATT`		-	8528090	8528098	-93	-101
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCGTCGTTTC`		-	8528134	8528143	-137	-146
	AtREG648	`TCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG576	`GTCGTTTC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None