PlantPromoterDB promoter information of AT4G14950.2

Summary of Gene (AT4G14950.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G14950 TAIR NCBI
Gene model	AT4G14950.2
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G05360.1); Has 269 Blast hits to 264 proteins in 96 species: Archae - 0; Bacteria - 13; Metazoa - 155; Fungi - 0; Plants - 37; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 64 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8544551-8545750)

`Genome position from initiation codon` `AT4G14940.1 AT4G14950.1 AT4G14950.3 TSS from cDNA TSS information AT4G14950.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G14950.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 8545155 -396

TSS clone peak A clone + 8545189 -362

TSS clone peak A clone + 8545367 -184

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	8545155	-396
TSS clone peak	`A`	clone	+	8545189	-362
TSS clone peak	`A`	clone	+	8545367	-184

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT + 8545169 8545176 -382 -375

Y Patch TCTCTCTCT + 8545202 8545210 -349 -341

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	8545169	8545176	-382	-375
Y Patch	`TCTCTCTCT`	+	8545202	8545210	-349	-341
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCCGGTTCAA + 8545049 8545059 -502 -492

AtREG573 GTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480   CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG640    CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAATGGGCTTTAAAGCCCA + 8545088 8545106 -463 -445

AtREG386 AAATGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545      GGCTTTAAAGCC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG376    TGGGCTTTAAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CAAAGCCCACACGTCACG + 8545267 8545284 -284 -267

AtREG559 CAAAGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518   AAGCCCAC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG517         ACACGTCA   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG466          CACGTCAC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG489           ACGTCACG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCCGGTTCAA`		+	8545049	8545059	-502	-492
	AtREG573	`GTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG640	`CGGTTCAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCTTTAAAGCCCA`		+	8545088	8545106	-463	-445
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG376	`TGGGCTTTAAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CAAAGCCCACACGTCACG`		+	8545267	8545284	-284	-267
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG466	`CACGTCAC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG489	`ACGTCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None