version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G15215.1

Summary of Gene (AT4G15215.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G15215  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G15215.1  
Description PDR13; FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, ATPase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: multidrug transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), Plant PDR ABC transporter associated (InterPro:IPR013581), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PDR2 (PLEIOTROPIC DRUG RESISTANCE 2); ATPase, coupled to transmembrane movement of substances (TAIR:AT4G15230.1); Has 217043 Blast hits to 173833 proteins in 2551 species: Archae - 4421; Bacteria - 154472; Metazoa - 7473; Fungi - 3996; Plants - 2980; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 43697 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8669220-8670419)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G15215.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT4G15210.1         
AT4G15210.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G15215.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA17-8669465AT4G15210.1, AT4G15210.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-8669470AT4G15210.1, AT4G15210.2
TSS cloneAclone-8669465AT4G15210.1, AT4G15210.2
TSS cloneTclone-8669464AT4G15210.1, AT4G15210.2
TSS cloneGclone-8669463AT4G15210.1, AT4G15210.2
TSS cloneTclone-8669462AT4G15210.1, AT4G15210.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTCTATATAAAGA-86694928669505AT4G15210.1, AT4G15210.2
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTCGTTTT-86695508669557AT4G15210.1, AT4G15210.2
 AtREG520GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAATGACG-86696428669649AT4G15210.1, AT4G15210.2
 AtREG657AAATGACG PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.