PlantPromoterDB promoter information of AT4G15620.1

Summary of Gene (AT4G15620.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G15620 TAIR NCBI
Gene model	AT4G15620.1
Description	integral membrane family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0497, trans-membrane plant (InterPro:IPR006702), Uncharacterised protein family UPF0497, trans-membrane plant subgroup (InterPro:IPR006459); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: integral membrane family protein (TAIR:AT4G15630.1); Has 281 Blast hits to 281 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 281; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8912935-8914134)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G15620.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G15620.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 8913842 -93

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	8913842	-93

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATATATACA + 8913808 8913819 -127 -116

Y Patch TCTCTTCTC + 8913822 8913830 -113 -105

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATATATACA`	+	8913808	8913819	-127	-116
Y Patch	`TCTCTTCTC`	+	8913822	8913830	-113	-105
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCGTTTTG + 8913694 8913701 -241 -234

AtREG585 GCGTTTTG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG TAAAAGCCACGTAG + 8913740 8913753 -195 -182

AtREG549 TAAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG608    AAGCCACG    ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG450     AGCCACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413      GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG495       CCACGTAG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCGTTTTG`		+	8913694	8913701	-241	-234
	AtREG585	`GCGTTTTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
REG	`TAAAAGCCACGTAG`		+	8913740	8913753	-195	-182
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG608	`AAGCCACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG450	`AGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG413	`GCCACGTA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG495	`CCACGTAG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None