PlantPromoterDB promoter information of AT4G16990

Summary of Gene (AT4G16990)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G16990 TAIR NCBI
Gene model	AT4G16990
Description	RESISTANCE TO LEPTOSPHAERIA MACULANS 3 (RLM3); FUNCTIONS IN: transmembrane receptor activity, ATP binding; INVOLVED IN: defense response to fungus, incompatible interaction, jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance, callose deposition during defense response, defense response; LOCATED IN: intrinsic to membrane; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NB-ARC (InterPro:IPR002182), Disease resistance/zinc finger/chromosome condensation-like region (InterPro:IPR013591), Toll-Interleukin receptor (InterPro:IPR000157); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNC1 (SUPPRESSOR OF NPR1-1, CONSTITUTIVE 1); nucleotide binding (TAIR:AT4G16890.1); Has 4576 Blast hits to 4377 proteins in 153 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 4569; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 9559155-9560354)

`Genome position from initiation codon` `AT4G16990.1 AT4G16990.2 AT4G16990.3 AT4G16990.4 AT4G16990.5 TSS from cDNA TSS information AT4G16990 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G16990

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 9560110 -45

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	9560110	-45

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 9560135 -20

TSS clone T clone + 9560136 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	9560135	-20
TSS clone	`T`	clone	+	9560136	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTCTCC + 9560072 9560079 -83 -76

Y Patch TCTTCTTCTTCTC + 9560161 9560173 6 18

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTCTCC`	+	9560072	9560079	-83	-76
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTC`	+	9560161	9560173	6	18
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCTTAT + 9559933 9559940 -222 -215

AtREG425 GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CACCCCAC + 9560059 9560066 -96 -89

AtREG618 CACCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAGGCCC + 9560081 9560088 -74 -67

AtREG398 CAAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCTTAT`		+	9559933	9559940	-222	-215
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CACCCCAC`		+	9560059	9560066	-96	-89
	AtREG618	`CACCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAGGCCC`		+	9560081	9560088	-74	-67
	AtREG398	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None