PlantPromoterDB promoter information of AT4G17245

Summary of Gene (AT4G17245)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G17245 TAIR NCBI
Gene model	AT4G17245
Description	zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type (InterPro:IPR013083); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT5G47610.1); Has 4937 Blast hits to 4920 proteins in 196 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1569; Fungi - 378; Plants - 2323; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 655 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 9668383-9669582)

`Genome position from initiation codon` `AT4G17245.1 TSS from cDNA TSS information AT4G17245 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G17245

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 92 + 9669363 -20

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	92	+	9669363	-20

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 9669373 -10

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	9669373	-10

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATAAACA + 9669329 9669340 -54 -43

Y Patch CTCTCTTT + 9669314 9669321 -69 -62

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATAAACA`	+	9669329	9669340	-54	-43
Y Patch	`CTCTCTTT`	+	9669314	9669321	-69	-62
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCACGT + 9669242 9669249 -141 -134

AtREG547 ATCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCACGT`		+	9669242	9669249	-141	-134
	AtREG547	`ATCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 9668394 AT4G17240.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	9668394	AT4G17240.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAAAGCCCATAGTTAGGCCCAATA - 9668447 9668471 AT4G17240.1

AtREG545 TTAAAGCC                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477     AGCCCATA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG535             GTTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360              TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358               TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                 GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355                  GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCGTTAAA - 9668475 9668482 AT4G17240.1

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR