PlantPromoterDB promoter information of AT4G18580.1

Summary of Gene (AT4G18580.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G18580 TAIR NCBI
Gene model	AT4G18580.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 5 Blast hits to 5 proteins in 1 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 5; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 10236524-10235325)

`Genome position from initiation codon` `AT4G18580.2 TSS from cDNA TSS information AT4G18580.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G18590.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G18580.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 10236026 -502

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	10236026	-502

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTCTT - 10235982 10235991 -458 -467

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTCTT`	-	10235982	10235991	-458	-467
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGACACGTCAGC - 10236120 10236131 -596 -607

AtREG470 AGACACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG481 GACACGTC    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG517   ACACGTCA   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG440    CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG515     ACGTCAGC SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTAAACCGAACCGGTTTG - 10236167 10236184 -643 -660

AtREG473 TTAAACCG           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456      CCGAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423       CGAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528        GAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436          ACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496           CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTCCGGT - 10236269 10236276 -745 -752

AtREG644 TTTCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGACACGTCAGC`		-	10236120	10236131	-596	-607
	AtREG470	`AGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG481	`GACACGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG440	`CACGTCAG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG515	`ACGTCAGC`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TTAAACCGAACCGGTTTG`		-	10236167	10236184	-643	-660
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTCCGGT`		-	10236269	10236276	-745	-752
	AtREG644	`TTTCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 10236225 AT4G18590.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	10236225	AT4G18590.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCCTCT + 10236213 10236223 AT4G18590.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCCTCT`	+	10236213	10236223	AT4G18590.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GCTGACGTGTCT + 10236120 10236131 AT4G18590.1

AtREG515 GCTGACGT     SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG440 CTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG481    GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG470     ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG CAAACCGGTTCGGTTTAA + 10236167 10236184 AT4G18590.1

AtREG496 CAAACCGG           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528    ACCGGTTC        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423     CCGGTTCG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456      CGGTTCGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451       GGTTCGGT     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556        GTTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568         TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514          TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473           CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif