PlantPromoterDB promoter information of AT4G18970

Summary of Gene (AT4G18970)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G18970 TAIR NCBI
Gene model	AT4G18970
Description	GDSL-motif lipase/hydrolase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on ester bonds, carboxylesterase activity; INVOLVED IN: lipid metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipase, GDSL (InterPro:IPR001087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GDSL-motif lipase/hydrolase family protein (TAIR:AT5G45670.1); Has 1923 Blast hits to 1908 proteins in 190 species: Archae - 0; Bacteria - 280; Metazoa - 1; Fungi - 53; Plants - 1568; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 21 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 10393058-10391859)

`Genome position from initiation codon` `AT4G18975.1 AT4G18975.2 AT4G18975.3 TSS from cDNA TSS information AT4G18970 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G18970

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 - 10390866 -58

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	-	10390866	-58

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 10390868 -60

TSS clone A clone - 10390866 -58

TSS clone G clone - 10390865 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	10390868	-60
TSS clone	`A`	clone	-	10390866	-58
TSS clone	`G`	clone	-	10390865	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATTATATACA - 10390891 10390900 -83 -92

Y Patch TTCTCTCTCTTTC - 10390824 10390836 -16 -28

Y Patch TCTCTCTCTTCTTCTTCTTC - 10390840 10390859 -32 -51

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATTATATACA`	-	10390891	10390900	-83	-92
Y Patch	`TTCTCTCTCTTTC`	-	10390824	10390836	-16	-28
Y Patch	`TCTCTCTCTTCTTCTTCTTC`	-	10390840	10390859	-32	-51
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGCGTGA - 10390973 10390980 -165 -172

AtREG502 CCGCGTGA Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG GTCGTTTA - 10391098 10391105 -290 -297

AtREG565 GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGCGTGA`		-	10390973	10390980	-165	-172
	AtREG502	`CCGCGTGA`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTCGTTTA`		-	10391098	10391105	-290	-297
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None